Филогенетический анализ генов HA и NA вирусов гриппа А у пациентов с иммуносупрессией в стационаре в Пекине в 2018 г.

Вирусологический журнал, том 20, номер статьи: 101 (2023) Цитировать эту статью

283 доступа

1 Альтметрика

Подробности о метриках

Вирусы гриппа А претерпели быструю эволюцию и стали вирулентными; однако полных и исчерпывающих данных об эволюции генов и вариациях аминокислот HA и NA у пациентов с иммуносупрессией было мало. В этом исследовании мы проанализировали молекулярную эпидемиологию и эволюцию вирусов гриппа А в популяции с иммуносупрессией, а в качестве контроля использовали иммунокомпетентную популяцию.

Полные последовательности HA и NA A(H1N1)pdm09 и A(H3N2) были получены с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (RT-PCR). Гены HA и NA секвенировали с использованием метода Сэнгера и филогенетически анализировали с использованием ClustalW 2.10 и программного обеспечения MEGA версии 11.0.

В течение сезона гриппа 2018–2020 гг. в исследование были включены 54 стационарных пациента с иммуносупрессией и 46 иммунокомпетентных пациентов с положительным результатом скрининга на вирусы гриппа А с использованием количественной ПЦР в реальном времени (qRT-PCR). 27 иммуносупрессированных и 23 иммунокомпетентных образца мазков из носа или жидкости бронхоальвеолярного лаважа были случайным образом отобраны и секвенированы с использованием метода Сэнгера. A(H1N1)pdm09 был обнаружен в 15 образцах, а остальные 35 образцов были A(H3N2) положительными. Анализируя последовательности генов HA и NA этих вирусных штаммов, мы обнаружили, что все вирусы A(H1N1)pdm09 имеют большое сходство друг с другом, а гены HA и NA этих вирусов принадлежат исключительно субкладу 6B.1A.1. Некоторые гены NA вирусов A(H3N2) не находились в той же кладе, что и гены A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 и A/Kansas/14/2017, что могло привести к тому, что A(H3N2) стал доминантным. штамма в сезоне гриппа 2019–2020 гг. Вирусы A(H1N1)pdm09 и A(H3N2) продемонстрировали схожие закономерности эволюционного развития HA и NA у пациентов с иммуносупрессией и иммунокомпетентных пациентов. По сравнению с вакцинными штаммами статистически значимых генов НА и NA и аминокислотных последовательностей вирусов гриппа А у иммуносупрессивных и иммунокомпетентных пациентов не выявлено. Однако у пациентов с иммуносупрессией наблюдалась резистентная к осельтамивиру замена NA-H275Y и R292K.

Вирусы A(H1N1)pdm09 и A(H3N2) продемонстрировали схожие закономерности эволюционного развития HA и NA у пациентов с иммуносупрессией и иммунокомпетентных пациентов. Как у иммунокомпетентных пациентов, так и у пациентов с иммуносупрессией имеются некоторые ключевые замены, которые следует контролировать, особенно те, которые потенциально могут влиять на вирусный антиген.

К вирусам гриппа относятся А, В, С и D, причем среди этих четырех типов тип А является наиболее заразным, что может даже вызвать опасную для жизни пандемию [1]. A (H1N1) pdm09 и H3N2 в настоящее время являются основными циркулирующими штаммами вируса гриппа А. Ген гемагглютинина (HA) имеет самую быструю мутацию из восьми генов вирусов гриппа А, за ним следует ген нейраминидазы (NA) [2]. Основным механизмом изменчивости вируса гриппа А являются антигенный дрейф и генетические реассортации [3]. Предыдущие исследования показали, что грипп A(H1N1)pdm09 произошел от нескольких вирусов свиного гриппа и передался человеку за несколько месяцев до вспышки [4, 5]. Активный мониторинг вируса гриппа на молекулярном уровне может помочь понять эволюцию вируса гриппа и выбрать лучшие штаммы вакцины [6, 7].

Предыдущие публикации и наблюдения Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC) гриппа на молекулярном уровне в основном касались иммунокомпетентных пациентов [8, 9]. С развитием медицинских технологий с каждым годом увеличивается количество пациентов с иммуносупрессией, перенесших трансплантацию гемопоэтических стволовых клеток (ТГСК) или трансплантацию паренхиматозных органов (ТСО), пациентов, находящихся на хроническом гемодиализе, а также пациентов, получающих системные кортикостероиды, иммунодепрессанты и биологические реагенты [10, 11,12]. Пациенты с иммуносупрессией составили 10,3% глобального многоцентрового поперечного исследования 35 348 взрослых пациентов с гриппом, опубликованного в 2020 году [13]. Полные и исчерпывающие данные об эволюции генов гриппа и аминокислотных вариациях HA и NA у пациентов с иммуносупрессией отсутствуют, и неясно, отличаются ли они от пациентов с иммунокомпетентными пациентами.