Ранний релиз

Отказ от ответственности: статьи раннего выпуска не считаются окончательными версиями. Любые изменения будут отражены в онлайн-версии в месяц официального выпуска статьи.

Рекомендуемая ссылка на эту статью

В ноябре 2022 года из фекалий диких водоплавающих птиц в Южной Корее мы выделили 5 высокопатогенных вирусов птичьего гриппа A(H5N1) клады 2.3.4.4.b. Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ выявили новые генотипы, полученные в результате рекомбинации с евразийскими вирусами низкопатогенного птичьего гриппа. Для улучшения стратегий профилактики и борьбы потребуется усиление эпиднадзора.

Высокопатогенные вирусы птичьего гриппа (HPAIV) нанесли крупный экономический ущерб птицеводству и представляют серьезную угрозу для здоровья населения. С момента первого обнаружения HPAIV A(H5N1) у гуся в 1996 году в провинции Гуандун, Китай, его потомки развились в множественные клады, специфичные для гена гемагглютинина (НА) (H0–H9) и субклады (1), вызывающие межконтинентальные эпизоотии (2) . За несколько десятилетий H5 HPAIV превратились в множество подтипов и генотипов, возникших в результате реассортации с вирусами птичьего гриппа низкой патогенности (LPAIV), что привело к появлению клады 2.3.4.4 H5Nx HPAIV в восточном Китае в 2013–2014 гг. (3).

В середине 2016 г. реассортантные HPAIV клады 2.3.4.4b H5N8, содержащие внутренние гены LPAIV из Евразии, были обнаружены у диких птиц на озере Увс-Нуур в России и озере Цинхай в Китае (4); вирусы вызвали крупные вспышки в Европе в 2016–2017 гг. (5). Впоследствии в Евразии были обнаружены различные новые реассортанты H5N8 HPAIV (5,6). В конце 2020 года были обнаружены новые реассортантные вирусы HPAIV H5N1 клады 2.3.4.4b, которые стали преобладать в Европе у домашних и диких птиц (5).

Мы выделили 5 HPAIV H5N1 из фекалий диких птиц, собранных в Южной Корее в ноябре 2022 г. (Приложение 1): A/Spot-billed_duck/Korea/K22-730-1/2022(H5N1) [K22-730-1], A/Wild_bird /Корея/K22-742/2022(H5N1) [K22-742], A/Пестрая_утка/Корея/K22-856-2/2022(H5N1) [K22-856-2], A/Пестрая_утка/Корея /K22-862-1/2022(H5N1) [K22-862-1] и A/Spot-billed_duck/Korea/K22-920/2022(H5N1) [K22-920] (Приложение 1, Таблица 1). Чтобы быстро поделиться информацией, мы провели полногеномное секвенирование изолятов и поместили последовательности генома в базу данных GISAID (https://www.gisaid.org).

Все изоляты H5N1 были классифицированы как HPAIV на основании аминокислотных последовательностей сайта расщепления НА (PLRPKRRKR/G). Эти 5 изолятов имели высокую идентичность нуклеотидных последовательностей (от 99,4% до ≈100%) во всех 8 генах гриппа, за исключением основного белка 1 изолята полимеразы K22-920 (PB1), кислого белка полимеразы (PA), нуклеопротеина (NP) и неструктурные (NS) гены (от 93,0% до ≈99,0%). Результаты поиска BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov) показали, что гены белка HA, нейраминидазы и белка матрикса (M) всех изолятов имели >99,1% идентичности с HPAIV клады 2.3.4.4b 2021–2022 гг. (Таблица 1). Гены PB1, PA, NP и NS всех изолятов были очень похожи (98,72–99,52%) с LPAIV 2019–2022 гг. из Восточной Азии. Гены PB1, PA, NP и NS K22-920 были аналогичны генам LPAIV 2019–2020 годов из Южной Кореи, России и Бангладеш (>98,4–99,3%).

Рисунок 1

Рисунок 1. Филогенетический анализ новых высокопатогенных вирусов птичьего гриппа A(H5N1) клады 2.3.4.4b, обнаруженных в фекалиях диких птиц в Южной Корее, ноябрь 2022 г. А) Схематическое изображение происхождения изолятов вируса...

В ходе филогенетического анализа максимального правдоподобия гены PB2, HA, нейраминидазы и M 5 вирусов H5N1 из Южной Кореи были кластеризованы с генами вирусов, ранее описанных как генотип G10, идентифицированных в Китае в 2022–2023 годах (Приложение 1, рисунки 1–8). ; G10 представляет собой природный реассортант H5N1 HPAIV, содержащий ген PB2 из LPAIV (7). Гены PB1, PA, NP и NS всех вирусов H5N1 из Южной Кореи, за исключением K22-920, кластеризованных с генами LPAIV из Азии; эти генные сегменты в K22-920 кластеризовались отдельно с другими LPAIV из Азии, включая Южную Корею, Россию и Бангладеш (Приложение 1, рисунки 2, 3, 5, 8). Байесовская филогения гена HA показала, что вирусы H5N1 из Южной Кореи образовали хорошо поддерживаемый кластер; По оценкам, время появления самого последнего общего предка приходится на 11 августа 2022 г. (самая высокая задняя плотность 95% приходится на 11 июня – 11 октября 2022 г.), что позволяет предположить, что эти H5N1 HPAIV, скорее всего, появились за 1–2 месяца до осенней миграции диких птиц в Южную Корею (рис. 1; Приложение 1 Рисунок 9). Изоляты из Южной Кореи имели недавнее общее происхождение с вирусом A/Jiangsu/NJ210/2023(H5N1); время появления самого последнего общего предка между ними было 12 апреля 2022 г. (самая высокая задняя плотность 95% с 26 декабря 2021 г. по 28 июля 2022 г.), что позволяет предположить, что предковые HPAIV H5N1 циркулировали незамеченными в течение ≈7 месяцев.